简单的表达。  
MyISAM 是非事务的存储引擎。  
innodb是支持事务的存储引擎。  
  
innodb的引擎比较适合于插入和更新操作比较多的应用  
而MyISAM 则适合用于频繁查询的应用  
  
MyISAM --表锁。 

innodb--设计合理的话是行锁。  
MyISAM 不会出现死锁。  
  
最大的区别就是MYISAM适合小数据，小并发；INNODB 适合大数据，大并发。最大的区别就是在锁的级别上。  
  
MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持。 MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持，而InnoDB提供事务支持已经外部键等高级数据库功能。综述，就可以根据数据表不同的用处是用不同的存储类型。而且MyISAM是文件存储的，可以进行直接在不同操作系统间拷贝使用。  

InnoDB： 

InnoDB 给 MySQL 提供了具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。InnoDB 提供了行锁(locking on row level)，提供与 Oracle 类型一致的不加锁读取(non-locking read in SELECTs)。这些特性均提高了多用户并发操作的性能表现。在InnoDB表中不需要扩大锁定(lock escalation)，因为 InnoDB 的列锁定(row level locks)适宜非常小的空间。InnoDB 是 MySQL 上第一个提供外键约束(FOREIGN KEY constraints)的表引擎。InnoDB 的设计目标是处理大容量数据库系统，它的 CPU 利用率是其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能比的。在技术上，InnoDB 是一套放在 MySQL 后台的完整数据库系统，InnoDB 在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。 InnoDB 把数据和索引存放在表空间里，可能包含多个文件，这与其它的不一样，举例来说，在 MyISAM 中，表被存放在单独的文件中。InnoDB 表的大小只受限于操作系统的文件大小，一般为 2 GB。InnoDB所有的表都保存在同一个数据文件 ibdata1 中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），相对来说比较不好备份，可以拷贝文件或用navicat for mysql。  

MyISAM 

每张MyISAM 表被存放在三个文件 ：frm 文件存放表格定义。 数据文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex) 引伸。  
因为MyISAM相对简单所以在效率上要优于InnoDB，小型应用使用MyISAM是不错的选择。  
MyISAM表是保存成文件的形式,在跨平台的数据转移中使用MyISAM存储会省去不少的麻烦

以下是一些细节和具体实现的差别：

1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。